主要研究方向为儿童糖尿病领域，涵盖儿童糖尿病流行病学研究、生存、代谢控制状况及胰岛素抵抗相关疾病范化研究。先天性高胰岛素性/新生儿糖尿病临床与遗传学研究。性腺研究主要包括婴幼儿乳房发育临床监测、DSD病因学及Kallmann综合征的基因学研究、小阴茎的、AAA综合征的遗传学研究、DSD患者体格发育研究、Silver Russule 综合征遗传学研究等。同时承担研究生教学以及留学生英文教学。
巩纯秀，首都医科大学附属北京儿童医院，内分泌遗传代谢科，主任医师，博士，教授，博导。临床擅长糖脂代谢疾病（儿童1型糖尿病、2型糖尿病、肥胖、低血糖、高血压、特殊类型糖尿病）生长及骨代谢（身材矮小、佝偻病、甲状旁腺疾病、发育迟缓）性腺及肾上腺疾病（性早熟、DSD（性发育异常）等。
儿童内分泌科主要看的是儿童发育中分泌的问题和基础代谢疾病方面的问题。如果儿童发育中分泌过多会导致巨人症和肢端肥大症，如果生长缺乏或严重分泌不足就会出现矮小，如果孩子的性分泌异常，可能会出现性早熟，这是儿童内分泌的常见疾病。如果是基础代谢疾病有问题，如儿童糖尿病和甲状腺疾病，这也是儿童内分泌科的常规诊断和。
多年来，为方便患者就医，医院始终坚持24小时接诊。北京儿童医院积极践行公立医院改革，推进预约挂号工作，优化服务流程，改善患者就医体验，受到国家卫生健康委的肯定和广大群众的认可。医院还承担了上级部门委派的重大儿童传染病防治、抗震救灾支援、突发公共卫生事件救治等医疗任务。