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农民工工资保证金保函，是指施工总承包单位在工程开工之前，按照工程合同价款的一定比例向银行专户存储的工资专项资金的一种保证方式。该保函由银行类金融机构出具，可以替代实际存储的工资保证金，专项用于支付为所承包工程提供劳动的农民工被拖欠的工资。这种方式既保障了农民工的权益，也减轻了施工总承包单位的资金压力。
农民工工资保证金保函的意义：其主要目的是确保农民工工资得到按时足额支付。一旦出现拖欠工资的情况，该保函将作为支付保障，有效维护农民工的合法权益。
保函的替代作用：根据《保障农民工工资支付条例》的相关规定，工资保证金可以用金融机构保函替代。这意味着，施工总承包单位可以选择通过获取银行保函的方式，来替代实际向银行专户存储的工资保证金，从而优化资金使用，降低资金占用成本。
保函的专项用途：农民工工资保证金保函专项用于支付为所承包工程提供劳动的农民工被拖欠的工资。它确保了即使出现工程款项拖欠等问题，农民工的工资也能得到及时支付。
履约保证金和投标保证金的区别：
，提交主体不同。投标保证金由所有投标人提交；履约保证金仅由中标人提交。
第二，保证金的期限不同。投标保证金应在招标文件规定的投标保证金期限内提交，一般在投标同时提交；履约保证金应在签定正式施工合同前提交；投标保证金返还时间为签定施工合同或提供履约保证时的第28天；履约保证金返还时间为工程经验收合格之日或合同约定时间。
第三，法律后果不同。没有按照招标文件提交投标保证金或所提供的投标保证金有瑕疵的，按废标处理；提交投标保证金但违反下述方投标保证金的两种情况之一，没收投标保证金；没有按招标文件要求提交履约保证金的，将失去订立合同的资格，并没收投标保证金。提交履约保证金方不履行合同，接受方可按合同约定没收保证金，并不以此为限；接受方不履行合同，须向提交方双倍返还履约保证金，并不以此为限。
第四，设立目的不同。投标保证金的目的是投标人在有效期内不能撤回其投标文件；一旦中标，必须在规定期限内提交履约保证金或签署合同。履约保证金的目的保证完全履行合同，主要要保证按合同约定的质量和工期条款履行合同。